Thành phố Ninh Bình hiện có 44 trường học, từ bậc mầm non đến THCS, trong đó có 41 trường công lập và 3 trường tư thục do Phòng Giáo dục và Đào tạo thành phố quản lý. Hàng năm, chuẩn bị vào năm học mới, các nhà trường đều kêu gọi, hỗ trợ đầu tư kinh phí để hoàn thiện hệ thống cơ sở vật chất. Tuy nhiên, việc đầu tư, sửa chữa các khu vệ sinh thì chưa nhận được sự quan tâm đúng mức, bởi quan niệm chỉ là "công trình phụ", dẫn đến đã xuống cấp lại ngày càng nghiêm trọng, từ đó ảnh hưởng không nhỏ đến sức khỏe, chất lượng học tập và tâm lý của học sinh.